La forme guat a aussi existé, il en existe des traces dans la toponymie (ex : Le Moulin du Gouat à Habas (40) sur l’Arrigan).
[Vincent.P]

La rivière du Gat mort porte aussi le "t" final, mais a perdu le "u".
[Tederic]

"« goua », comme « gué » vient de ‘vadum’ ;
phonétiquement, à la française :
wadum > wadu > wad > gwad > gwat > gwa ; en français, … gwat > gat > gué
comme pratum […] prat > pré.
Mais le français a aussi le toponyme « Gois » dans le « passage du Gois » entre le continent et l’ile de Noirmoutier.
Le -d final se maintient en dérivation ; on a le patronyme Gouazé, où le -d- intervocalique passe à -z-
comme dans videre > védë > vésë etc. [...]
Mais en finale absolue, le -d devient muet, comme dans pedem > pè. Mais pas partout, car de même qu’en Aspe on dit « lou pèt » pour "le pied", Palay atteste des formes « ga, goà, goàt, goàu et goè ». Je ne saurais les localiser et l’ALG n’a pas de carte "gué’."
[Dr Y. Lafitte]

"pourrait provenir du francique wad qui a une signification moins spécialisée que vadum, car il peut désigner des cours d’eau, des mares.
Le mot wad est conservé en néerlandais.
Le francique wat e le latin vadum se ressemblent, et ont évidemment une étymologie indo-européenne commune."
[Gérard Loison]

dérivé :
guadet (prononcer "gwadétt")