La difficulté n’est probablement pas la racine du mot : c’est le gascon "magagne" au sens d’infirmité, de défaut, voire de méchanceté (cf Palay). Le "magagnous" est celui qui est affligé de ces défauts, du moins de l’un d’entre eux, sans que l’on sache lequel précisément.

Le souci ici est que le lieu-dit figure avec un accent sur la carte d’État-Major : Magagné. Le suffixe -arium (qui devient -èr en gascon, graphié -è) sert-il à former des substantifs de statut ?

Alors, Magagne ou Magagné ? Maganha ou Maganhèr ? La carte de Belleyme ne figure pas un tel lieu-dit, pas plus que celle de Cassini.

[Edit : Au vu des arguments de Tederic, sur la fiabilité du cadastre napoléonien, Gasconha.com rétablit Maganha.]